- Travail de recherche -

Schématiquement, la caractérisation d’un réseau de régulation transcriptionnel peut se décomposer en trois étapes : (i) identifier l’ensemble des gènes qui le composent, (ii) définir les relations possibles entre les différents éléments du réseau (interactions de régulation entre les facteurs de transcription et leurs gènes cibles) et (iii) appréhender la dynamique du fonctionnement du réseau, c’est à dire comprendre comment, à partir d’un nombre limité de régulateurs et de gènes cibles, la cellule met en place une réponse adaptée à des stress environnementaux de natures différentes. Pour aborder chacune de ces étapes, il faut disposer non seulement de données génomiques mais aussi d’approches bioinformatiques adaptées. Aussi sur le plan expérimental, des études cinétiques de la réponse transcriptionnelle des cellules ont été entreprises. En parallèle, l’effort bioinformatique consiste à rechercher les approches méthodologiques les plus adaptées à l’exploitation de ces données temporelles.

La comparaison des génomes d’organismes éloignés d’un point de vue évolutif est une approche classique dans l’étude des fonctionnements et de la dynamique des génomes. Facilitées par le séquençage de plus en plus rapide et performant d’un nombre croissant d’espèces différentes, les comparaisons effectuées à une échelle génomique ont pour but de mettre en évidence des caractéristiques (à la fois divergentes ou conservées) des espèces. Jusqu’à présent, les séquences nucléiques et protéiques ont retenu le plus d’attention comme marqueurs des changements évolutifs. Toutefois, l’émergence de techniques de génomique fonctionnelle permet aujourd’hui d’appréhender, au sein d’un organisme, les interactions entre les gènes nécessaires à la réalisation de différents processus biologiques. L’accumulation de résultats chez des espèces modèles différentes aboutit tout naturellement à la réalisation d’analyses comparatives afin d’ajouter un critère évolutif dans la caractérisation des réseaux d’expression de gènes. Mon objectif est actuellement de comparer les réponses transcriptionnelle de levures proches sur le plan évolutif (groupe des levures hémiascomycete).